Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jabal Ghafur memiliki lambang 5 (lima) lingkaran kubah bergaris pinggir hitam juga berwarna kuning bagaikan matahari yang bersinar terang di dalamnya bertuliskan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jabal Ghafur Sigli bergambar Reuhai/Kitap, Ular, Cawan Padi dan Kapas serta lambang Yayasan Pembangunan Kampus Jabal Ghafur.
Lambang Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jabal Ghafur memiliki makna sebagai berikut :
- Lingkaran bersegi lima melambangkan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jabal Ghafur dalam menerima ilmu pengetahuan dan dalam pengabdiannya kepada umat manusia berdasar Pancasila dan Undang-Undang Dasar 1945, serta berdasarkan Rukun Islam.
- Warna dasar kuning, melambangkan bungong (bunga) tanjong dan bungong reuhai, serta tulisan berwarna hitam melambangkan kebesaran, keberanian dan keteguhan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jabal Ghafur dalam dunia pendidikan di Indonesia.
- Padi dan kapas merupakan lambang sila ke lima pancasila yang bermakna bahwa dalam melaksanakan tugas dan fungsinya Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jabal Ghafur berpegang pada nilai- nilai keadilan
- “Reuhai” (rehal)/kitab/buku berbentuk tiga garis lengkung kekiri dan kekanan diatas garis Reuhai ini melambangkan kitab yang sedang terbuka, jumlah garis lurus enam buah melambangkan angka enam ribu enam ratus enam puluh enam, yaitu jumlah ayat Al-Qur’an, serta melambangkan sumber ilmu pengetahuan, teknologi dan keterampilan.
- Ular dan cawan mengambarkan kebijaksanaan dan kesembuhan.
- Lambang Yayasan Pembagunan Kampus Jabal Ghafur yang melambangankan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Jabal Ghafur berada dibawah naungan Yayasan Pembagunan Kampus Jabal Ghafur.